Категория проекта ставится в его карточке на табе «Проекты». Уровня всего два: подкатегорию в подкатегорию база не пустит. Категорию с подкатегориями сначала разберите — иначе один клик унёс бы полдерева. Проекты убранной категории останутся, но без неё.